Александр Каплан изучает работу мозга со студенческих лет. Сегодня, будучи доктором биологических наук и профессором, он руководит несколькими направлениями исследований мозга человека и разработками нейроинтерфейсных технологий на биологическом факультете МГУ им. М. В. Ломоносова, в Высшей школе экономики и Балтийском федеральном университете имени И. Канта.

Основные научные интересы Александра Каплана — изучение фундаментальных механизмов восприятия, памяти, воображения, а также создание интерфейсов «мозг — компьютер» для использования в реабилитации пациентов с тяжелыми нарушениями речи и движения. Новое направление исследований Александра Каплана — изучение состояний мозга при тантрических медитациях у монахов в тибетских монастырях. Профессор Каплан — лауреат премии правительства России в области науки и техники, а также премии им. М. В. Ломоносова. Одна из разработок психофизиолога — нейроинтерфейсный комплекс для замещения речи «Нейрочат» — сегодня используется в российских реабилитационных центрах.